O Colégio de Procuradores de Justiça conta com o suporte de duas comissões permanentes, que analisam e emitem parecer sobre as matérias de caráter administrativo e de caráter institucional. Após essa passagem pelas comissões, as matérias são incluídas na pauta de votação do colegiado.
Cada comissão permanente é composta de, no mínimo, três procuradores de Justiça, eleitos pelo Colégio de Procuradores de Justiça para mandato de dois anos, permitida uma recondução.
Entre outras funções, analisa matérias relativas à criação de cargos e serviços auxiliares, à fixação e reajuste dos vencimentos de membros e servidores, a modificações na Lei Orgânica do MPTO, ao desempenho das funções institucionais e à proposta orçamentária.
Entre outras funções, analisa matérias relativas à autonomia e ao interesse institucional do MPTO, bem como às atribuições das Promotorias de Justiça e das Procuradorias de Justiça.
