Conforme a Lei Orgânica do Ministério Público do Estado do Tocantins (Lei complementar n. 51/2008), a instituição encontra-se estruturada em um conjunto de órgãos, subdivididos em quatro grupos:

Órgãos da Administração Superior

Órgãos de Administração

Órgãos de Execução

Órgãos Auxiliares